Что-бы аудио дорожка не смещалась в видео, для начала проверьте исходник, нельзя менять частоту дискретизации, если в исходнике 48000, значит и вы в настройках ставьте 48000Khz, сложности могут возникнуть если у видео(исходника) частота кадров больше 30фпс...
кстати неплохая идея, тоже попробую сверят с исходником....